中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早建设的水产科学重点研究机构之一，隶属于农业农村部。前身为“中华人民共和国水产部长江水产研究所”，1958年在江苏省南京市成立，1965年迁至湖北省沙市市（现荆州市），2011年迁至湖北省武汉市。由于隶属关系和机构组成的变化，先后更名为“湖北省长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所沙市分所”“中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所”，1984年定为现名。
　　长江所现已形成了“一个中心、三个基地”的发展格局。武汉研究中心作为长江所法人所在地，以科技创新、人才培养和学术交流为主，承担各类科研工作和公益任务。荆州基地作为中试基地，下辖窑湾试验场和太湖试验场，为科研提供支撑并进行成果转化，同时承担离退休人员管理、物业管理与营运等工作。重庆基地以农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站为载体，承担长江中上游渔业资源环境监测、保护以及水生态修复等工作。梁子湖基地承担鱼类新品种测试和种质资源保存等工作。
　　目前，长江所有工作人员280余人，其中编制内工作人员179人。有专业技术人员154人，其中研究员22人、副研究员29人、助理研究员86人。全所拥有博士学位57人、硕士学位50人、本科50人。现有国务院政府特殊津贴享受者12人，湖北省人民政府特殊津贴享受者4人，农业部农业科研杰出人才2人及团队2个，中国水产科学研究院首席科学家2人，湖北省新世纪高层次人才工程二层次以上人选3人，二级研究员4人，博士生导师6人，硕士生导师29人。设博士后工作站，先后进站博士后8人。
　　长江所以提升科技自主创新能力和促进产业发展为宗旨，着力解决渔业发展中关键重大科技问题。主要围绕“生态、养殖、质标”三大领域，开展水生生物多样性保护、渔业资源保护与利用、渔业生态环境保护、水生生物技术、水产养殖育种、水产病害防治、水产养殖技术、水产营养与饲料、水产品质量安全、水产品加工与产物利用、渔业标准化、渔业信息化等方面的研究，为我国现代渔业发展作出了重要贡献。建所60年来，先后承担各类科研项目2000余项，获得各类科研成果190余项，其中，国家级奖励10项、省部级奖励97项。获全国科学大会奖的“鲤鱼杂交一代优势利用的研究”、获国家科技进步奖的“草鱼出血病防治技术研究”和“中华鲟物种保护技术研究”、获湖北省科技进步奖的“淡水重要鱼类资源增殖技术与应用”“三峡生态渔业开发技术研究”“草鱼营养需要量研究与高效环保饲料开发”“斑点叉尾鮰安全生产关键技术”，以及选育新品种“长丰鲢”“长丰鲫”等成果的推广和应用都产生了显着的经济效益和社会效益。
　　与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系。为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。