农业部淡水生物多样性保护重点实验室原身为“淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室”，是1985年7月经国家计委审批筹建的国家重点实验室，是我国淡水渔业研究领域建立的第一个国家重点实验室。2008年，根据《关于开展农业部专业性（区域性）重点实验室和农业科学观测实验站申报工作的通知》的精神，以原“农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室”为基础，由中国水产科学研究院长江水产研究所独立申报，获批建设了农业部淡水生物多样性保护重点实验室，归属淡水渔业与种质资源利用学科群。
实验室是一支以中青年科研人员为主的70余人的精干队伍，其中拥有高级职称人员30人，获得博士学位人员42名，占比达59%。专业涉及濒危鱼类保护、渔业资源、遗传育种、分子生物学、环境工程、鱼类营养与病害控制等多个领域。
实验室在珍稀和特有鱼类保护和保存、鱼类种质资源、渔业生态环境、渔业生产应用基础理论等方面具有长期的工作积累。尤其在珍稀鱼类中华鲟、白鲟、达氏鲟、胭脂鱼、大鲵等物种的保护技术方面形成了独具特色的系列研究成果。
实验室现有专用实验室总面积2520平方米、试验田（渔塘）总面积241404 平方米，现有设备总值达5900余万元。此外，实验室在珍稀濒危水生动物保护及淡水生物多样性监测与保护技术方面搭建了良好的基础设施平台，包括水域生态监测系统、珍稀濒危鱼类繁育救护研究及增殖放流中心、大型仪器设备分析测试平台，并具有地方特有鱼类繁育养殖基地2座。
“十一五”以来，实验室承担各类课题400余项，总经费2亿余元。实验室共发表论文900余篇，其中SCI/EI论文200余篇;实验室获得国家和省（部）级奖励16项，其中由实验室人员独立完成的“中华鲟物种保护技术研究”获得2007年度国家科技进步二等奖。
实验室坚持贯彻“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，广泛开展科技合作和学术交流，同时加强人才培养和学科建设，建立健全各项规章管理制度，保障实验室健康、有序、高效运行，将实验室锻造成为我国专业从事淡水生物多样性保护与利用基础和应用基础研究及人才培养的重要基地。