研究单元
根据研究方向和内容，实验室共分为9个研究单元，分别为：
1.珍稀濒危水生动物多样性保护；
主要任务和方向：
通过对濒危水生动物保护关键技术的研究，解决物种就地保护、迁地保护和遗传多样性保护的重点与难点问题；针对养殖品种的引进所带来的对本地濒危水生动物的遗传多样性的影响，从管理与保护技术等方面开展相关的研究。以《中国水生生物资源养护行动纲要》为指导，维护国家渔业生态安全。主要研究物种：中华鲟、达氏鲟、白鲟、胭脂鱼、细鳞鲑、大鲵等国家重点保护动物。
主要人员：
危起伟、杨德国、杜浩、张辉、厉萍、朱永久、王成友、吴金明等
2.水产种质资源保存与遗传育种；
主要任务和方向：
在群体、个体、细胞和基因等层面，进行主要淡水经济动物种质资源保护与保存；以家系选育、细胞工程、分子标记辅助育种等技术为重点，开展优质、高产、抗逆的水产优良新品种培育和育种材料创新，培育具有优良性状的养殖新品种（品系），为淡水养殖业的可持续发展提供良种支撑。
主要人员：
邹桂伟、梁宏伟、李忠、王丹等
3.淡水渔业资源管理与可持续性；
主要任务和方向：
开展流域及大水面等渔业资源的调查与评估技术的研究；从事水利工程对渔业资源的影响以及渔业养护措施的研究；开展流域渔业自然保护区与增殖站的规划设计；提出资源合理利用、保护、增殖措施；完善渔业管理措施，建立以资源调查研究为基础共同管理体系和情报信息服务系统；为合理开发利用渔业资源提供依据和保障。
主要人员：
陈大庆、刘绍平、段辛斌、王珂、刘名典等
4.渔业环境保护与水安全；
主要任务和方向：
开展长江流域生态环境监测技术研究；从事自然水域渔业安全和渔业生态环境修复技术研究；提出环境染污对渔业水域生态的影响及应对技术措施；开展重要渔业水域的生态环境评价、渔业水域生态环境的保护与管理的对策和措施研究
主要人员：
倪朝辉、李志华、李云峰、茹辉军、沈子伟、张燕等
5.水产养殖动物病害与防治技术；
主要任务和方向：
针对我国水产养殖重大病害问题，开展水生动物疫病流行性病学、病原生物学与分子生物学、组织病理学、致病机理、疫病诊断与病原检测技术、水产新技术疫苗研制与免疫预防技术、定向抗病分子育种技术研究，开展鱼类细胞培养物与水产病原生物等基础实验材料收集保藏与应用工作，建立新型水产药物创制与安全使用技术开发平台，开展健康养殖技术、生态预防与综合预防技术研究，建立水产养殖病害预警预报、水生动物健康管理、疫病检验检疫与公共卫生安全评价体系。
主要人员：
曾令兵、范玉顶、徐进、周勇、马杰等
6.水产养殖动物营养与饲料;
主要任务和方向：
研究水产养殖动物的营养生理学特征、规律和配合饲料技术，构建主要水产养殖动物营养数据库和水产饲料质量安全控制技术体系；研究开发新的水产饲料资源和饲料添加剂，现有饲料资源和添加剂的评价和高效利用技术；研究饲料营养与环境、养殖对象的健康、养殖产品品质的关系及其营养调控技术；开发一批节约饲料资源、维护水域环境、保障饲料安全和养殖产品食用安全的水产养殖鱼类的人工配合饲料。
主要人员：
文华、蒋明、吴凡、刘伟、杨长庚、田娟等
7.水产养殖动物基础生物学与养殖技术;
主要任务和方向：
主要包括水产养殖基础生物学和养殖技术。从事鱼类生理学和繁殖生物学的研究；以健康养殖为根本点，开展新型池塘养殖和综合生态养殖模式的研究；以提高养殖效益为出发点，开展鱼类繁殖和苗种培育关键技术的研究。
主要人员：
魏开金、柳凌、张洁明、朱祥云、徐滨等
8.池塘生态修复与工程技术;
主要任务和方向：
结合我国正在开展的池塘养殖设施标准化改造，围绕水产品质量安全、水资源高效利用和生态环境保护等目标，发展运用生物与生态工程技术原理作为池塘养殖水质管理对策，建立具有水质保证、无公害和适于生态养殖的池塘养殖结构模式，推进传统池塘养殖升级改造和可持续发展。
主要人员：
李谷、张世羊、陶玲、李晓莉、袁科平等
9.淡水多样性保护标准与规范
主要任务和方向：
针对标准化的方针、政策和健康养殖的生产要求，从事淡水养殖技术标准体系的研究；以提高我国水产品质量安全为目标，从产地环境、生产投入品、养殖过程、产品要求等方面，研究建立养殖、加工、流通各环节的水产品安全和质量保障技术；研究国家标准和贸易技术壁垒措施；开展渔用药物与饲料质量安全检测技术的研发，制定水产品质量的技术标准。
主要人员：
何力、艾晓辉、周瑞琼、方耀林、刘永涛、张林等