根据长江水产研究所学术委员会的安排，2011－2012年计划安排科研重点项目3项，重点支持能形成产品与对产业发展有显着支撑作用的课题。支持10项面上项目，鼓励青年科研人员结合学科发展开展创新性研究。支撑3项探索性项目，主要涉及科技与人才管理等方面。

   经过口头答辩与现场打分评议，3项重点项目、10项面上项目、3项探索项目获得支持，总经费210万元。病害防控领域申报了1项重点项目、2项面上项目，其中大鲵嗜水气单胞菌感染症免疫预防技术获得重点项目资助、草鱼出血病呼肠孤病毒基因克隆与基因分型获得面上项目资助。

   长江所基本科研业务费的经费来源由中国水产科学研究院淡水渔业研究中心提供，已经连续支持3年（2008－2010年）。