在水产养殖方面，药物防治病害有两条途径，其一是外用药，即用药物对养殖水体进行消毒或对养殖对象进行体表消毒；其二是内服或注射用药，即对已染病或觉察所养殖的对象有病变症状时，所采取的口服或注射等方法给药。作为高投入的人工养鳖，鳖病的药物防治更加受到重视和应用。目前养鳖常用的外用药主要有：生石灰、漂白粉、高锰酸钾、强氯精、鳖净、甲醛、硫酸铜、硫酸亚铁，也有的用五倍子、乌柏叶、大黄等中草药；还有的用抗生素给鳖洗浴和涂抹伤口，甚至向水体泼洒；常用的内服和注射药物，多根据不同症状和不同病原体，使用不同种类的抗生素，这在鳖病的防治方面收到了良好的效果。
    但在防治鳖病时，应避免滥用药、乱用药的现象，否则，非但不能有效防治鳖病，相反还会污染环境，造成浪费和损失。对此，药物防治鳖病应遵循两条原则：①正确诊断，科学用药。正确的诊断，应包括对水体环境的临测和对鳖病症状的分析，或请有关技术部门帮助对病原体的分离鉴定，务必对所患疾病做出正确诊断；科学用药，应该是在正确诊断的基础上，正确选用药物；应当知道，鳖病的有效治疗，取决于正确的诊断，忌盲目借鉴有关资料，乱用药，否则有时不能达到治疗的目的。②尽可能少用抗生药物，预防病原菌产生耐药性。为了防止细菌耐药菌株的产生，要根据抗生素的适应症，选用合适的抗生素，严格控制用量和用药次数，有条件时可根据药敏试验结果确定用药种类；一种抗生素可以控制的疾病，就不用二种或三种抗生素联合治疗，根据病情，能用窄谱者，就不用广谱抗生素，应留有余地，避免一旦流行传染病而出现无药可治的恶果。