根据《农业部关于发布第五轮农业部重点开放实验室建设名单的通知》（农科教[2008]3号），长江水产研究所申报的农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室被列入第五轮农业部重点开放实验室名单，同时第四轮命名的农业部淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室相应取消。

        农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室将从遗传、物种和生态系统三个层面开展我国淡水生物多样性基础调查及其动态监测，甄别淡水生物多样性胁迫要素，认识物种濒危机理，为我国淡水生物多样性保护、管理和利用提供理论依据；研究和挖掘淡水鱼类种质资源，培育优质、高产、抗逆的淡水鱼类新品种；研究淡水生物收集、整理、保存及其多样性管理技术，开发淡水生物特别是淡水鱼类健康养殖新技术。实验室将在原农业部淡水鱼类种质资源与生物技术实验室的基础上建设，以长江所的优势学科和人员为主（约占实验室2/3），联合华中农业大学淡水水产增养殖生物学重点实验室的优势学科和人员（约占实验室的1/3）。组建后将成立5个研究室：1.遗传多样性与种质资源改良研究室，主要开展分子遗传多样性、重要基因的克隆与表达、新品种选育及种质资源的保存等方面的研究；2.物种多样性保护与保存研究室，包括物种多样性现状与编目、种群定量评估与行为生态学、珍稀物种的濒危机制及珍稀濒危动物的保护技术等方面的研究；3. 人类活动与淡水生态系统多样性研究室，开展淡水生态系统多样性格局与退化机制、水工程生态效应、水环境污染生态效应及渔业活动与水生态安全等方面的研究；4.淡水生物多样性管理研究室，主要研究退化生态系统的恢复与重建、水域自然保护区的建设与管理、外来物种入侵的生态学效应与管理及转基因水产动物的生物安全评价；5.淡水鱼类健康养殖研究室，研究内容包括淡水养殖基础生物学、水生动物营养与饲料、水生动物疫病的诊断与防控、淡水池塘生物与生态工程及水产品质量安全与标准等。

        本轮重点开放实验室的评估命名工作是2007年组织开展的，主要是为加强农业研究基地建设，提升农业科技自主创新能力，为现代农业和社会主义新农村建设提供强有力的科技支撑。农业部重点开放实验室作为农业部重要的农业研究基地，在今后的建设和运行中，将有计划地承担相关重大技术和重点领域的研发任务。