2014年9月24日，原农业部在上海成立首个流域性监督管理机构——长江流域渔政监督管理办公室（以下简称“长江办”），主要负责黄河流域以南相关流域、重要水域和边境水域的渔政管理、水生生物资源养护等工作。长江办成立以来，在相关流域和水域范围内大力倡导生态文明理念，加强水域生态保护的制度设计和体制机制建设，强化水生生物保护，严格渔业执法监管，初步遏制了内陆水域生态环境恶化和水生生物资源衰退的趋势。
　　强化长江大保护政策顶层设计。2018年9月，国务院办公厅印发《关于印发加强长江水生生物保护工作的意见》，基本涵盖了有关长江水生生物保护工作的全过程和各环节，从国家政策顶层设计的高度确立了相关制度框架和措施体系，将对长江水生生物保护工作起到强化顶层设计、确立四梁八柱和完善推进机制等重大作用。
　　推进长江流域重点水域禁捕。在强化长江、珠江、淮河等内陆水域禁渔期管理基础上，会同贵州、四川两省地方政府在长江的一级支流赤水河成功开展退捕转产试点，取得良好成效。2019年，农业农村部、财政部、人力资源社会保障部联合印发《长江流域重点水域禁捕和建立补偿制度实施方案》，中央财政通过一次性补助与过渡期补助相结合的方式，鼓励和支持各地加快引导捕捞渔民退捕上岸、转产转业，确保2019年底前长江流域332个水生生物保护区实行全面禁捕、2020年底前长江干流、重要支流、大型通江湖泊等重点水域实行常年禁捕。
　　加强长江珍稀濒危物种保护。实施了中华鲟、长江江豚、长江鲟3个拯救行动计划，加快推进全人工环境下的长江江豚繁育研究。在江西、四川、安徽等地大力开展珍稀濒危特有物种增殖放流，积极推动长江江豚提升保护等级和中华鲟、长江鲟野生种群恢复。据2017年长江江豚生态科学考察结果，长江江豚种群数量约为1012头，种群数量大幅下降的趋势得到初步遏制。2015-2018年，完成300多项涉水生生物保护区影响专题论证报告审查，争取生态补偿经费超过8亿元,统筹实施生态环境修复、增殖放流、渔民转产转业、水生生物资源监测、珍稀特有鱼类紧急救护等生态保护措施。
　　加大渔政执法监督检查力度。联合渔政、公安、水警、海警、海事等多部门执法力量，组建中国渔政特编船队，实施“中国渔政亮剑”—春季禁渔同步执法行动、打击长江口水域非法捕捞联合行动、鄱阳湖“打击非法捕捞保护长江江豚”联合执法检查、打击电鱼活动、涉保护区建设项目专项执法检查等各类执法行动。据初步统计，近3年来，黄河流域以南内陆水域各级渔政管理部门开展执法行动约11.32万次，行政处罚2.74万人次，罚没款约4880.5万元，有力地维护了长江流域渔业管理秩序。完善行政执法与刑事司法衔接的工作机制，2016-2018年各地渔政部门在禁渔期间移交公安机构或司法机关并刑事处罚5378人次，营造了对涉渔违法行为严管重罚和“零容忍”的高压态势。
　　优化水生生物保护机制。2018年11月3—4日，农业农村部联合湖北省人民政府共同发起举办了长江生物资源保护论坛，国务院相关部委、沿江省人民政府、有关专家和国际组织就落实新时代生态文明战略和共抓长江大保护要求达成了广泛共识。不断深化与相关国家渔业管理部门、国际保护组织的合作与交流，努力构建多领域、全方位的国际大河流域水生生物保护合作体系。与水利部长江水利委员会、交通运输部长江航运公安局、公安部治安管理局、中国水产科学研究院等达成合作共识，整合资源共同推进新形势下长江水生生物保护工作。联合发改、公安、财政、人社等十部委建立长江水生生物保护暨禁捕工作协调机制，统筹推进长江水生生物保护总体工作和长江禁捕专项工作。